现代农业微生物技术研发与应用中心致力于构建以国家级生物育种平台为核心，集基础研发、中试孵化与产业应用于一体的现代农业微生物创新体系。中心依托现代农业分子研发中心、生物育种中试与产业化基地及作物基因性状测试网络（济南）中心三大核心平台，系统推动微生物农业技术的研发、验证与推广应用，为我国现代农业绿色转型和可持续发展提供科技支撑。
1. 现代农业分子研发中心
中心聚焦高效遗传转化技术开发，配备万级洁净度的遗传转化车间，包括准备室、接种间、组培间、人工气候室等专业功能区。依托分子生物学实验室和植物生理实验室，建立了从基因编辑、载体构建到表型分析的全链条技术体系，为生物育种产业化提供关键技术支撑。
2.生物育种中试与产业化基地
基地拥有1700亩农业流转用地，包括1300亩大田片区、157亩国家转基因中试与产业化基地和123亩智能温室大棚区等核心区。已作为国家级生物育种平台的重要组成部分，重点开展生物育种技术研发、新品种培育、试验示范与产业化推广，致力于研发具有高效、绿色、循环和精准特点的微生物农业新技术。
3.作物基因性状测试网络（济南）中心
于2024年11月10日正式揭牌成立，由研究院与中种集团共建。中心整合标杆实验平台与国标盐碱圃等重要组成部分，立足于黄淮海地区，紧密衔接生物育种前沿科技与种质资源创新，重点开展关键基因性状的产业化导向验证和品系测试工作，有效弥补了我国作物基因性状测试网络体系在该区域的短板。
